Akupunktur işlemine başlanmadan önce, hasta akupunkturist doktor tarafından öyküsü alınıp muayene edilir, gerekli laboratuvar ve görüntüleme tetkikleri yapılır ve hastanın yaşı, yaşam stili, beslenme durumu, uyku düzeni, genel durumu, hastalıkları, belirtileri, aldığı tedaviler, tedavilere bağlı yan etkiler gibi birçok faktör göz önünde bulundurulup hastanın takibini yapan doktorun da bilgi ve desteği alınarak bir tedavi planı hazırlanır; seansların sayısı, süresi, uygulanacak yöntem belirlenir.

Akupunkturda kullanılan birçok iğne çeşidi olmakla beraber sıklıkla tek kullanımlık paslanmaz çelik iğneler kullanılır. Sterilize edilerek tekrar tekrar kullanılan iğneler, tek kullanımlık iğneler kadar sağlıklı değildir ve enfeksiyon gibi yan etkilerin olasılığı daha yüksektir. İşlemin bir sonraki adımı; hastaya ve hastanın şikayetine göre, 2000 den fazla akupunktur noktasından işlemin uygulanacağı noktaların belirlenmesidir. Akupunktur noktaları denilen bu noktalar, vücutta sinirlerin yüzeysel geçtiği noktalardır. Daha sonra akupunkturist tarafından çok ince özel iğneler, özel yöntemlerle acı duyulmadan cilt altı veya kas içine batırılır. Hastanın durumuna göre genellikle birkaç dakika olmak üzere; bazen daha kısa, bazen daha uzun süre iğneler batırılan yerde bırakılır. Kimi zaman da akupunkturist, belirtilerdeki rahatlamanın devamı için özel iğne tiplerini cilt altı, kulak gibi kısımlarda günlerce bırakabilir. Yine bazı durumlarda da kişilere evlerinde uygulamaları için özel akupunktur teknikleri öğretilebilir. Zaman zaman işlemi uygulayan doktor, sinirleri uyarmak için iğneleri yukarı-aşağı hareket ettirebilir veya döndürebilir. Bu işlemler sırasında hasta ağrı hissetmez ancak bir miktar karıncalanma, uyuşma hissi duyabilir. İşlemden sonra bir süre hasta sakin bir odada yatırılarak dinlendirilir ve seans tamamlanır.